Machu Picchu é um dos ecossistemas mais ricos do planeta. A sua localização estratégica entre a Cordilheira dos Andes e a Floresta Amazónica cria microclimas perfeitos para uma flora e fauna únicas.
Cerca de 500 espécies de orquídeas foram registradas no Santuário em estado selvagem. Muitas delas são tão pequenas que se integram perfeitamente à paisagem dos troncos e rochas.
A mais famosa: A Waqanki (Masdevallia veitchiana), conhecida como a "orquídea do pranto", destaca-se pela sua cor laranja intensa.
Melhor época: Durante a estação chuvosa (novembro a março), a floração é mais espetacular, revelando formas e cores espontâneas.

Com mais de 400 espécies registradas, Machu Picchu é um destino privilegiado para a observação de aves. Durante o seu percurso, poderá avistar:
Galo-da-serra-andino: A ave nacional do Peru, famosa pela sua plumagem vermelho-alaranjada brilhante. Costuma ser vista perto de cascatas ou zonas de selva alta.
Beija-flores gigantes: Aves com um batimento de asas impressionante que revoluteiam entre as flores dos terraços incas.
Outras espécies: O Condor Andino, o Pato-dos-torrentes e o Juruva-andina.

Além das aves, o santuário protege espécies em perigo de extinção que habitam a zona arqueológica:
Urso-de-óculos: O único urso da América do Sul. É tímido, mas por vezes pode ser visto a caminhar pelos terraços do setor agrícola.
Lhamas: As residentes mais conhecidas da cidadela. São amigáveis e estão sempre presentes nas zonas de pastagem para fotografias.
Dica de explorador: Se é apaixonado por botânica, pode visitar o Jardim Botânico de Machu Picchu (localizado perto do Museu de Sítio), onde poderá ver centenas destas espécies num percurso curto de 20 minutos.