Machu Picchu es uno de los ecosistemas más ricos del planeta. Su ubicación estratégica entre la Cordillera de los Andes y la Selva Amazónica crea microclimas perfectos para una flora y fauna única.
En el Santuario se han registrado cerca de 500 especies de orquídeas en estado silvestre. Muchas de ellas son tan pequeñas que se integran perfectamente al paisaje de los troncos y rocas.
La más famosa: La Waqanki (Masdevallia veitchiana), conocida como la "orquídea del llanto", destaca por su color naranja intenso.
Mejor época: Durante la temporada de lluvias (noviembre a marzo) la floración es más espectacular, revelando formas y colores espontáneos.

Con más de 400 especies registradas, Machu Picchu es un destino privilegiado para el avistamiento de aves. Durante tu recorrido, podrías divisar:
El Gallito de las Rocas: El ave nacional del Perú, famoso por su plumaje rojo-anaranjado brillante. Se suele ver cerca de cascadas o zonas de selva alta.
Colibríes Gigantes: Aves con un aleteo impresionante que revolotean entre las flores de las terrazas incas.
Otras especies: El Cóndor Andino, el Pato de los Torrentes y el Relojero de Montaña.

Además de las aves, el santuario protege especies en peligro de extinción que habitan la zona arqueológica:
Oso de Anteojos: El único oso de Sudamérica. Es tímido, pero en ocasiones se le puede ver caminando por las terrazas del sector agrícola.
Llamas: Las residentes más conocidas de la ciudadela. Son amigables y siempre están presentes en las zonas de pastoreo para fotografías.
Consejo de explorador: Si te apasiona la botánica, puedes visitar el Jardín Botánico de Machu Picchu (ubicado cerca del Museo de Sitio), donde podrás ver cientos de estas especies en un recorrido corto de 20 minutos.