Rejoindre la citadelle inca nécessite une planification détaillée, car il n'existe pas de route directe depuis Cusco. Le voyage se divise en plusieurs étapes combinant le transport routier et ferroviaire.
La plupart des voyageurs choisissent de se rendre en bus ou en voiture de Cusco à la gare d'Ollantaytambo dans la Vallée Sacrée (environ 1 heure et 45 minutes). De là, ils montent dans le train qui rejoint le village d'Aguas Calientes en un trajet d'environ 2 heures. C'est l'option la plus confortable et la plus utilisée.
PeruRail : Propose les services Expedition (économique), Vistadome (panoramique) et le luxueux Hiram Bingham.
Inca Rail : Propose les services The Voyager, The 360°, The First Class et l'exclusif The Private.

Pour ceux qui cherchent à économiser, il existe la route par Hidroelectrica. Elle consiste en un voyage en bus de 6 heures depuis Cusco jusqu'à la gare d'Hidroelectrica, suivi d'une randonnée de 2 à 3 heures (10 km) le long de la voie ferrée jusqu'à Aguas Calientes. C'est plus long et fatiguant, mais considérablement moins cher.
Une fois au village d'Aguas Calientes, il existe deux façons de monter à la porte d'entrée du Machu Picchu :
Bus Consettur : Le trajet dure 30 minutes et les bus partent toutes les 15 minutes à partir de 05h30.
Randonnée : C'est une ascension par des escaliers en pierre qui prend entre 1h30 et 2 heures. C'est gratuit mais cela demande un effort physique considérable.
Il est recommandé d'acheter les billets de train au moins deux mois à l'avance, surtout pendant la haute saison (juin à août). Les billets de bus Consettur peuvent être achetés le jour même au village ou sur internet, car ils ne sont jamais épuisés.
Conseil important : Munissez-vous toujours de votre passeport original pour monter dans le train et le bus, car c'est le seul document d'identité accepté pour le contrôle des passagers.