La montaña Huayna Picchu se encuentra a unos 2,720 m.s.n.m. Su ubicación entre la cordillera de los Andes y la selva amazónica hace que el clima sea cambiante e impredecible, pudiendo presentar varias estaciones en un mismo día.
El clima es templado, con temperaturas máximas que oscilan entre los 19°C y 21°C, y mínimas que van de los 8°C a los 11°C. Sin embargo, en las noches más frías de los meses de junio y julio, la temperatura puede descender hasta los -2°C.
Estación Seca (Abril a Octubre): Considerada la mejor época para el ascenso. Los días son despejados y soleados, lo que garantiza las mejores vistas panorámicas desde la cima. Junio y julio son los meses más secos pero también los más fríos por la mañana.
Estación Lluviosa (Noviembre a Marzo): Los paisajes lucen más verdes y exuberantes. Aunque las lluvias son más frecuentes, suelen ser intermitentes. El mayor inconveniente es la neblina matutina que puede limitar la visibilidad.
Durante la temporada de lluvias, el santuario suele amanecer cubierto de nubes. Si tienes este boleto en meses lluviosos, es recomendable elegir los horarios más tarde (a partir de las 10:00 AM), ya que las nubes se van disipando conforme avanza la mañana, permitiendo mejores fotografías.

Protección contra el clima: Sin importar la estación, lleva un poncho de lluvia ligero, bloqueador solar y repelente de insectos.
Calzado adecuado: Es fundamental el uso de zapatillas de trekking con buen agarre, ya que los senderos de piedra pueden ser resbaladizos, especialmente con humedad.
Hidratación: Lleva abundante agua, ya que el esfuerzo físico del ascenso bajo el sol puede ser agotador.
Dato importante: Septiembre es un mes excelente para visitar la montaña, ya que coincide con la primavera, ofreciendo un clima fresco, paisajes verdes y días mayormente despejados.